Articoli marcati con tag ‘Proteomica’

Identificazione di due proteine batteriche associate alle endocarditi

Giovedì, 16 Luglio 2009

Tramite tecniche della proteomica e spettrometria di massa (estrazione, purificazione e determinazione delle proteine, 2D-PAGE e LC-MS/MS), un gruppo di ricercatori ha recentemente scoperto nella parete del batterio Streptococco gordonii due nuove proteine di adesione (SGO 0707 e SGO 1487). Lo S. gordonii é batterio presente nella cavità orale ma é anche in grado di entrare in circolo e fissarsi per esempio alle valvole cardiache, causandovi le gravissime infiammazioni note come « endocarditi ».
L’identificazione di tali proteine potrebbe consentire trattamenti più efficaci per le endocarditi e le reazioni legate agli impianti, finalizzando le ricerche a farmaci in grado di bloccare il legame tra il batterio e le superfici da proteggere (es. valvole cardiache).

Gli estremi dell’articolo sono visionabili in http://apps.isiknowledge.com/full_record.do?product=UA&search_mode=GeneralSearch&qid=8&SID=P24p69loBO28G93JB8J&page=1&doc=1&colname=WOS.


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Proteomica quantitativa

Mercoledì, 29 Aprile 2009

Nell’ambito della proteomica quantitativa la Spettrometria di Massa (MS) riveste un ruolo importante per l’identificazione delle proteine differentemente espresse (in differenti stadi fisiologici o patologici). L’elaborazione dei dati necessita dell’utilizzo di tools e software specifici. Un articolo interessante di Brusniak e colleghi descrive un « framework » per questi studi (’Corra: Computational framework and tools for LC-MS discovery
and targeted mass spectrometry-based proteomics’ BMC Bioinformatics 2008, 9:542) .


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Proteine

Giovedì, 9 Aprile 2009

E’ stato recentemente pubblicato un articolo interessante, che descrive un approccio bioinformatico innovativo per l’analisi di dati di proteine, acquisiti mediante tecniche di spettrometria di massa ad alta accuratezza.

I riferimenti bibliografici sono i seguenti : Jaitly N, Mayampurath A, Littlefield K, Adkins JN, Anderson GA, Smith RD. 2009. Decon2LS: An open-source software package for automated processing and visualization of high resolution Mass Spectrometry Data. BMC Bioinformatics. Mar 17;10(1):87 [Epub ahead of print].

Il paper é facilmente rintracciabile eseguendo una ricerca sul sito dell’NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).


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