La proteomica quantitativa basata sulla spettrometria di massa é sempre più applicata nel dominio vegetale per caratterizzare proteine rispetto a : abbondanza, localizzazione cellulare, modifiche post-traduzionali e interazioni con altre proteine (Oelieklaus e coll. 2009, Journal of Proteomics 72:545-554).
Il laboratorio di spettrometria di massa e proteine dell’ ISB Milano sta attualmente sviluppando nuovi metodi di analisi di dati MS(/MS) ottenuti in esperimenti di proteomica quantitativa vegetale tramite tecniche ‘label-free’.

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Nell’ambito della proteomica comparativa su larga scala, l’analisi quantitativa dei dati MS/MS generati prevede un foglio di lavoro comprensivo di : detezione dei picchi, confronto/allineamento dei picchi, normalizzazione, identificazione dei peptidi, detezione dei peptidi differenziali e analisi statistiche. Numerosi softwares di metodi computazionali sono al momento disponibili (America e Cordewener, Proteomics 2008 8:731-49; Wong et al., Brief Inform 2007 9:156-65).

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Le moderne analisi in LC-MS associate alla bioinformatica consentono la rivelazione di differenze quantitative nella composizione proteica tra due o più campioni. Le concentrazioni peptidiche sono quantificate tramite un confronto dell’intensità dei picchi su corse multiple ottenute in MS mode con appositi softwares (ritenzione, confronto e allineamento dei picchi).

Un’interessante review sulla proteomica quantitativa e la spettrometria comparativa LC-MS, nonché le tipiche procedure analitiche di acquisizione ed elaborazione dei dati, é quella di America e Cordewener (2008, Proteomics, 8:731-749).

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E’ stato recentemente pubblicato un articolo interessante, che descrive un approccio bioinformatico innovativo per l’analisi di dati di proteine, acquisiti mediante tecniche di spettrometria di massa ad alta accuratezza.

I riferimenti bibliografici sono i seguenti : Jaitly N, Mayampurath A, Littlefield K, Adkins JN, Anderson GA, Smith RD. 2009. Decon2LS: An open-source software package for automated processing and visualization of high resolution Mass Spectrometry Data. BMC Bioinformatics. Mar 17;10(1):87 [Epub ahead of print].

Il paper é facilmente rintracciabile eseguendo una ricerca sul sito dell’NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).

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