ISB - Ion Source & Biotechnologies » Proteomica quantitativa http://www.isbiotechnology.com/blog Solo un altro blog targato WordPress Fri, 21 Aug 2009 09:46:27 +0000 http://wordpress.org/?v=2.6.2 en Proteomica comparativa vegetale http://www.isbiotechnology.com/blog/proteomica/proteomica-comparativa-2 http://www.isbiotechnology.com/blog/proteomica/proteomica-comparativa-2#comments Thu, 25 Jun 2009 15:26:24 +0000 Ombretta http://www.isbiotechnology.com/blog/?p=95 La proteomica quantitativa basata sulla spettrometria di massa é sempre più applicata nel dominio vegetale per caratterizzare proteine rispetto a : abbondanza, localizzazione cellulare, modifiche post-traduzionali e interazioni con altre proteine (Oelieklaus e coll. 2009, Journal of Proteomics 72:545-554).
Il laboratorio di spettrometria di massa e proteine dell’ ISB Milano sta attualmente sviluppando nuovi metodi di analisi di dati MS(/MS) ottenuti in esperimenti di proteomica quantitativa vegetale tramite tecniche ‘label-free’.

]]> http://www.isbiotechnology.com/blog/proteomica/proteomica-comparativa-2/feed Spettrometria comparativa e sofwares http://www.isbiotechnology.com/blog/proteomica/spettrometria-comparativa http://www.isbiotechnology.com/blog/proteomica/spettrometria-comparativa#comments Thu, 25 Jun 2009 15:20:15 +0000 Ombretta http://www.isbiotechnology.com/blog/?p=92 Nell’ambito della proteomica comparativa su larga scala, l’analisi quantitativa dei dati MS/MS generati prevede un foglio di lavoro comprensivo di : detezione dei picchi, confronto/allineamento dei picchi, normalizzazione, identificazione dei peptidi, detezione dei peptidi differenziali e analisi statistiche. Numerosi softwares di metodi computazionali sono al momento disponibili (America e Cordewener, Proteomics 2008 8:731-49; Wong et al., Brief Inform 2007 9:156-65).

]]> http://www.isbiotechnology.com/blog/proteomica/spettrometria-comparativa/feed Proteomica quantitativa tramite spettrometria comparativa LC-MS http://www.isbiotechnology.com/blog/proteomica/proteomica-quantitativa-2 http://www.isbiotechnology.com/blog/proteomica/proteomica-quantitativa-2#comments Wed, 03 Jun 2009 08:38:24 +0000 Ombretta http://www.isbiotechnology.com/blog/?p=80 Le moderne analisi in LC-MS associate alla bioinformatica consentono la rivelazione di differenze quantitative nella composizione proteica tra due o più campioni. Le concentrazioni peptidiche sono quantificate tramite un confronto dell’intensità dei picchi su corse multiple ottenute in MS mode con appositi softwares (ritenzione, confronto e allineamento dei picchi).

Un’interessante review sulla proteomica quantitativa e la spettrometria comparativa LC-MS, nonché le tipiche procedure analitiche di acquisizione ed elaborazione dei dati, é quella di America e Cordewener (2008, Proteomics, 8:731-749).

]]> http://www.isbiotechnology.com/blog/proteomica/proteomica-quantitativa-2/feed Proteomica quantitativa http://www.isbiotechnology.com/blog/proteomica/proteomica-quantitativa http://www.isbiotechnology.com/blog/proteomica/proteomica-quantitativa#comments Wed, 29 Apr 2009 15:35:45 +0000 Ombretta http://www.isbiotechnology.com/blog/?p=45 Nell’ambito della proteomica quantitativa la Spettrometria di Massa (MS) riveste un ruolo importante per l’identificazione delle proteine differentemente espresse (in differenti stadi fisiologici o patologici). L’elaborazione dei dati necessita dell’utilizzo di tools e software specifici. Un articolo interessante di Brusniak e colleghi descrive un « framework » per questi studi (’Corra: Computational framework and tools for LC-MS discovery
and targeted mass spectrometry-based proteomics’ BMC Bioinformatics 2008, 9:542) .

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