La proteomica quantitativa basata sulla spettrometria di massa é sempre più applicata nel dominio vegetale per caratterizzare proteine rispetto a : abbondanza, localizzazione cellulare, modifiche post-traduzionali e interazioni con altre proteine (Oelieklaus e coll. 2009, Journal of Proteomics 72:545-554).
Il laboratorio di spettrometria di massa e proteine dell’ ISB Milano sta attualmente sviluppando nuovi metodi di analisi di dati MS(/MS) ottenuti in esperimenti di proteomica quantitativa vegetale tramite tecniche ‘label-free’.

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Nell’ambito della proteomica comparativa su larga scala, l’analisi quantitativa dei dati MS/MS generati prevede un foglio di lavoro comprensivo di : detezione dei picchi, confronto/allineamento dei picchi, normalizzazione, identificazione dei peptidi, detezione dei peptidi differenziali e analisi statistiche. Numerosi softwares di metodi computazionali sono al momento disponibili (America e Cordewener, Proteomics 2008 8:731-49; Wong et al., Brief Inform 2007 9:156-65).

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Le moderne analisi in LC-MS associate alla bioinformatica consentono la rivelazione di differenze quantitative nella composizione proteica tra due o più campioni. Le concentrazioni peptidiche sono quantificate tramite un confronto dell’intensità dei picchi su corse multiple ottenute in MS mode con appositi softwares (ritenzione, confronto e allineamento dei picchi).

Un’interessante review sulla proteomica quantitativa e la spettrometria comparativa LC-MS, nonché le tipiche procedure analitiche di acquisizione ed elaborazione dei dati, é quella di America e Cordewener (2008, Proteomics, 8:731-749).

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Nell’ambito della proteomica quantitativa la Spettrometria di Massa (MS) riveste un ruolo importante per l’identificazione delle proteine differentemente espresse (in differenti stadi fisiologici o patologici). L’elaborazione dei dati necessita dell’utilizzo di tools e software specifici. Un articolo interessante di Brusniak e colleghi descrive un « framework » per questi studi (’Corra: Computational framework and tools for LC-MS discovery
and targeted mass spectrometry-based proteomics’ BMC Bioinformatics 2008, 9:542) .

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